Los movimientos indígenas y afines con la propuesta de interculturalidad, comprendida como diversidad étnica, han logrado generar nuevas iniciativas de educación superior, que responden a procesos históricos y políticos a los que deben su configuración actual, configuración que plantea retos, tanto para la universidad como para la noción de interculturalidad. Esta tesis analiza esos procesos y los retos epistemológicos, metodológicos y teleológicos en el Programa Académico Cotopaxi de la Universidad Politécnica Salesiana y la Universidad Intercultural de las Nacionalidades y Pueblos Indígenas Amawtay Wasi, apoyando a las universidades desde la crítica basada en el trabajo etnográfico. Se discute con los estudios culturales que, tratando de apoyar a estos proyectos, ofrecen una imagen idealizada y despolitizada de sus procesos de constitución y prácticas internas, misma que obscurece problemáticas como la institucionalización de la interculturalidad, la movilización de las identidades, las relaciones educación superior-interculturalidad-aparato del desarrollo o, las disputas por los recursos y liderazgo de las iniciativas. El análisis se realiza desde las nociones de Pierre Bourdieu, criticando las dicotomías reduccionistas que se utilizan para comprender este tipo de fenómenos, y la composición de los habitus que los agentes de estas instituciones producen y reproducen, y que, no respetan los principios de visión y división preferidos en la academia.